En l’actualitat es conserva l’església i testimonis arqueològics de les dependències monacals d’aquest cenobi femení, com restes del claustre, el celler, dormitoris i espais d’emmagatzematge.
L’església és un temple molt auster d’una única nau coberta amb volta apuntada i transsepte que conformen una planta de creu llatina. Està culminada a llevant per tres absis de construcció semicircular, dels quals a l’exterior és visible el central de majors dimensions que conserva tres finestres de doble esqueixada; els altres dos exteriorment tenen planta quadrangular.
Conserva tres portes d’accés, una a cada tram de transsepte decorades amb arquivoltes –la del sud comunicava amb el claustre- i una altra a ponent del temple també decorada amb arquivoltes –és la que actualment és la porta principal-.
L’element decoratiu més significatiu és la rosassa, centrada per una creu grega amb els extrems arrodonits i decoració geomètrica de puntes de diamant.
Curiositats
L’any 2003, el va adquirir l’entitat Identirama, amb el designi de recuperar-lo i oferir-lo com un espai públic amb vocació pedagògica. Un grup de ciutadans aplegats en el projecte Identirama, que vol mostrar un panorama global de la identitat catalana en tots els seus vessants, ha triat el monestir de Santa Maria de les Franqueses per crear al seu voltant un espai a l’aire lliure on es presentin els aspectes lingüístics, històrics, literaris, botànics, arquitectònics... característics de la identitat catalana.
Al bosc de ribera que voreja el riu Segre, el que a Balaguer s’anomena la bultra, s’han començat a senyalitzar els arbres, arbusts i espècies herbàcies a fi que els escolars els identifiquin, coneguin i estimin. Una altra iniciativa important: al llarg del camí que porta al riu, s’han deixat escrites en uns petits monòlits poesies dels autors catalans més rellevants. És el Passeig de la poesia. La tria, inspirada en el llibre recent publicat per l’associació cultural ACCAT (Associació Conèixer Catalunya), atorga un gran protagonisme a la poesia històrico-patriòtica. Arrenca des de la Renaixença amb l’obra “Oda a la Pàtria” de Bonaventura C. Aribau, i acaba amb Maria Mercè Marçal.