El maig de 1278, quan sembla ja s’havien acabat les obres de la nau gràcies a la contribució de diverses institucions eclesiàstiques, les monges santjoanistes van oferir a Pere Monjo d’Alguaire , totes les rendes, censals, lluminàries, i altres fruits de l’església i Casa de Santa Maria del Merli durant deu anys, si a canvi el mencionat personatge acabava les obres de la coberta i el paviment de pedra. Amb el trasllat de les monges a Barcelona l'any 1699 només va quedar un sacerdot ermità que va seguir depenent de les monges fins que el santuari passar a la jurisdicció del bisbat de Lleida.
És un edifici que podríem catalogar de barroc amb elements romànics, d'una sola nau i capçalera plana. El temple inicial ha sofert al llarg dels segles diverses i importants remodelacions. En una d’aquestes remodelacions, feta el segle XVI, s’hi construí un cambril, ara desaparegut. Però possiblement la més important es va efectuar al segle XVIII, si tenim en compte la data que apareix a la llinda del portal principal (1711), quan es va capgirar l’orientació de l’església i on hi havia l’entrada principal s’ubicà el presbiteri i a l’inrevés, on hi havia el presbiteri, possiblement malmès en el decurs de la Guerra dels Segadors, s’habilità l’actual accés. També fou el moment que s’amplià l’església.
De l’edifici inicial avui en dia només es conserven els murs laterals, ja que presbiteri i portalada foren substituïts. Es conserven dues finestres originals de característiques encara romàniques, sota les quals es conserven també una mena d’arcosolis que podrien haver estat destinats a enquibir algun sarcòfag. L’edifici presenta també dues capelles laterals, la de la dreta dedicada al Sant Crucifix. La nau també fou allargada amb la incorporació d’una volta de canó barroca. La façana també barroca és molt simple i equilibrada. La seva sobrietat només es veu alterada per un campanar de paret d’una única obertura, l’òcul i el portal amb una llinda plana amb una cornisa i dues pilastres.
Curiositats
A l’interior es venera una imatge policromada de 35 cm, rèplica d’una Marededéu sedent del segle XIII, obra de l’escultor Felip Coscollà a partir de les restes de parts del cap que es van salvar de la destrucció efectuada en el decurs de la guerra civil. Va ser reposada al culte el 24 de setembre de 1939 en una cerimònia presidida pel Dr. Faust Cucurull , canonge arxiver de la Seu de Tarragona, fill il·lustre de la vila. Respecte a la imatge la tradició explica que enmig d’unes antigues ruïnes un pastor va trobar damunt d’un merlet una imatge de la Mare de Déu, a la qual van començar a anomenar del Merlí, tot recordant on l’havien vist per primera vegada.També a l’interior es conserven unes interessants pintures murals, a banda i banda del presbiteri, corresponents possiblement al segle XVI on es representa la llegenda dels enfrontaments entre el comtat d’Urgell i el monestir per uns antics tributs o quèsties; s’explica que el comte Ermengol X (1260-1314), hauria quedat cec en atacar el convent, i hauria recuperat miraculosament la vista en retirar-se. Cada any el diumenge següent al 8 de setembre es puja en processó des de la parròquia fins l’ermita on es fa una ofrena floral i una celebració eucarística.
Són uns frescos del segle XVI, els quals aporten una informació pictòrica de l’indret molt interessant: “La Portella”, “Armita de Nostra Sra. del Merli”, “Com bent de las Señoyras de St. Joan, de Alguaire”, “Casa del Merli”, “Casa del Armita”, “Orta de la Portella”, “Castell de Albesa”, “Convent de las Sras. de St. Joan de Alguayre”, “St. Sebastià”, “Casa del Ponte”, “Pont de Albesa”, “Vilanova de Segria”, així com dels personatges protagonistes del miracle.
Visita Virtual 360°